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大量的临床资料表明：扁桃体炎致病因——子乙型链球菌为主要致病菌。非溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎双球菌、流感杆菌及腺病毒等也可以引起本病。
细菌和病毒混合感染者也较多见。近年来，还发现有厌氧菌感染的病例。
这些病源体通常存在于正常人的口腔及扁桃体内而不会致病，当某些因素使全身或局部的抵抗力降低时，病原体则“乘虚而入”侵入体内，或于此时因原有细菌大量繁殖也可致病。而受凉、潮湿、疲劳过度、吸入有毒气体如一氧化碳等均可为诱发因素。
小儿容易出现扁桃体炎除了本身抵抗力交弱，本身免疫系统形成之外，还和本身小儿生长发育阶段有比较直接的联系。
与成人相比小儿鼻咽及咽部相对狭小，而且位置较垂直，鼻咽部有丰富的淋巴组织，其生长因年龄不同而有所不同。新生儿时期淋巴组织未发育基本，1岁末，随着全身淋巴组织的发育而逐渐长大，10岁以后时又逐渐退化。这个就是为什么扁桃体炎常见于学龄儿童，而1岁以下婴儿则很少见。
营养不良、佝偻病、消化不良、平时缺乏锻炼，以及有过敏体质的小儿，因身体防御能力减低，容易发生扁桃体炎。非常是有原发性免疫缺陷病或后天获得性免疫功能低下的患儿，抵御病原微生物的能力低下，就更容易患急性扁桃体炎。
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